清康熙年間（1662年—1722年），始建萬古場；清雍正六年（1728年），屬合州來蘇里；清光緒三十二年（1906年），屬龍多鄉(xiāng)。
民國十五年（1926年），設萬古鄉(xiāng)，屬第七區(qū)。
民國二十年（1931年），改萬古鄉(xiāng)為萬古鎮(zhèn)。
民國二十一年（1932年），屬第四區(qū)。
民國二十八年（1939年），鳳凰鄉(xiāng)并入萬古鎮(zhèn)，更名為萬鳳鎮(zhèn)。
民國三十年（1941年），撤萬鳳鎮(zhèn)，分設為萬古鄉(xiāng)、鳳凰鄉(xiāng)。
1958年9月，萬古鄉(xiāng)改為萬古公社，興隆鄉(xiāng)并入萬古公社。
1959年12月，由萬古公社析設興隆公社。
1981年3月，萬古公社改為燕窩公社。
1983年，由燕窩公社改為燕窩鄉(xiāng)。
1991年7月，由燕窩鄉(xiāng)改為燕窩鎮(zhèn)。
2005年4月，合隆鎮(zhèn)并入燕窩鎮(zhèn)。