古屬巴國(guó)地域。
周慎靚王五年（前316），秦惠王舉兵滅了巴蜀，將原巴國(guó)改建為巴郡，并筑江州城為郡治。
當(dāng)時(shí)本區(qū)屬于巴郡江州縣轄地。
南北朝時(shí)期改江州為墊江縣，北周武成三年（516），又改為巴縣。
1929年2月15日，重慶建市，市政府在玄壇廟設(shè)南岸市政管理處。
1935年2月，增設(shè)重慶市第十五區(qū)。
1944年7月，從第十一區(qū)劃出部分轄區(qū)增設(shè)重慶市第十八區(qū)。
1950年開始民主建政。
6月，第十一、十二、十五、十八區(qū)并建為重慶市第五、第六區(qū)。
1952年10月，第五、六區(qū)合并，成立重慶市第五區(qū)，區(qū)政府駐彈子石涼水井。
1955年10月，重慶市第五區(qū)更名為重慶市南岸區(qū)。
1958年9月，全區(qū)6個(gè)鄉(xiāng)合并建立政社合一的涂山人民公社。
1961年10月，撤銷涂山人民公社，將下屬6個(gè)管理區(qū)改建為6個(gè)政社合一的人民公社。
1962年7月，全區(qū)5個(gè)城區(qū)人民公社和2個(gè)鎮(zhèn)改建7個(gè)街道，原郭家沱鄉(xiāng)轄區(qū)從鑼旗寺廠區(qū)分出，建立郭家沱人民公社。
1964年1月，恢復(fù)建立大佛段街道。
1966年“文化大革命”開始后，上新街改名大慶街、銅元局街改名紅旗街、彈子石街改名前進(jìn)街、大佛段街改名新風(fēng)街、郭家沱街改名東風(fēng)街。
1973年后，所有街道恢復(fù)原名，上新街街道改名龍門浩街道。
1983年5月，全區(qū)6個(gè)人民公社改建為6個(gè)鄉(xiāng)。
1990年，建重慶市經(jīng)濟(jì)技術(shù)開發(fā)區(qū)。
1997年，設(shè)重慶直轄市，南岸區(qū)隸屬之。
1999年12月，撤銷玄壇廟街道、涂山鎮(zhèn)，合并成立涂山鎮(zhèn)。
2001年8月，大佛段街道并入彈子石街道。
2006年7月，撤銷黃桷埡鎮(zhèn)和南山鎮(zhèn)，合并成立南山街道。
2010年7月，重慶經(jīng)開區(qū)（南部）9.6平方千米交南岸區(qū)管理，并繼續(xù)保留重慶市經(jīng)濟(jì)技術(shù)開發(fā)區(qū)牌子。