金天德三年（1151），于潞縣治設(shè)州，取“漕運(yùn)通濟(jì)”之意稱通州，潞縣屬之。
元升漷陰縣為州稱漷州。
明洪武十三年（1380），漷州降為縣，稱漷縣。
1914年改州為縣，始稱通縣。
1948年底，通縣全境解放，隸屬通縣專區(qū)。
1958年3月7日國務(wù)院批準(zhǔn)，將河北省通縣劃歸北京市。
1958年5月29日國務(wù)院批準(zhǔn)，撤銷通縣和通州市，合并成立通州區(qū)。
1960年1月7日國務(wù)院批準(zhǔn)，撤銷通州區(qū)，恢復(fù)通縣。
1997年4月29日，《國務(wù)院關(guān)于同意北京市撤銷通縣設(shè)立通州區(qū)的批復(fù)》國函〔1997〕30號，撤銷通縣，設(shè)立通州區(qū)。
2020年下轄17個街道鄉(xiāng)鎮(zhèn)。
2022年，下轄11個街道辦事處，11個鄉(xiāng)鎮(zhèn)。