明代成村。
清代，小屯村為大清直隸省宛平縣一區(qū)的一個(gè)村。
民國(guó)時(shí)稱中華民國(guó)河北省宛平縣小屯村，1945年前，小屯村為聯(lián)保建制，1949年小屯村劃歸北平市十六區(qū)，1949年6月并入15區(qū)，1952年改15區(qū)為豐臺(tái)區(qū)，小屯村為豐臺(tái)區(qū)行政范圍，1955年，小屯村在五個(gè)初級(jí)農(nóng)業(yè)生產(chǎn)合作社的基礎(chǔ)上，成立了小屯高級(jí)農(nóng)業(yè)生產(chǎn)合作社，稱小屯鄉(xiāng)。
1956年，小屯高級(jí)農(nóng)業(yè)生產(chǎn)合作社成立。
1958年，小屯村為盧溝橋東方紅人民公社小屯分大隊(duì)。
1964年9月盧溝橋公社改名為盧溝橋中羅友好人民公社。
小屯村為盧溝橋中羅友好人民公社小屯大隊(duì)小屯分大隊(duì)。
1971年與其他村完全脫離，稱小屯大隊(duì)，1983年3月改稱為小屯鄉(xiāng)，1984年8月，撤設(shè)建鄉(xiāng)建村，政企分開(kāi)，盧溝橋人民公社改為盧溝橋農(nóng)村辦事處；小屯村為小屯鄉(xiāng)鄉(xiāng)政府，1987年9月，鄉(xiāng)制變更，小屯鄉(xiāng)改為小屯村公所，1992年成立小屯農(nóng)村經(jīng)濟(jì)合作社，小屯農(nóng)工商聯(lián)合公司。
1998年改為小屯村村民委員會(huì)。