竇店鎮(zhèn)戰(zhàn)國時期為中都縣治地。
秦至后唐時期為良鄉(xiāng)縣治地。
明代中期為竇店里。
民國五年（1916年），竇店鎮(zhèn)屬良鄉(xiāng)縣第五西二區(qū)。
1949年，竇店鎮(zhèn)屬良鄉(xiāng)縣七區(qū)。
1956年，竇店屬良鄉(xiāng)縣竇店回民自治鄉(xiāng)、交道鄉(xiāng)。
1958年，竇店屬周口店區(qū)琉璃河人民公社竇店管理區(qū)、交道管理區(qū)。
1960年，竇店鎮(zhèn)屬房山縣。
1961年，竇店鎮(zhèn)屬竇店人民公社、交道人民公社。
1983年，竇店公社改鄉(xiāng)。
1989年，竇店鄉(xiāng)改鎮(zhèn)。
2001年，合鄉(xiāng)并鎮(zhèn)，交道鎮(zhèn)并入竇店鎮(zhèn)。