歷史上，磨店屬于合肥縣東鄉(xiāng)。
1949年1月21日，合肥解放，2月1日根據(jù)江淮區(qū)黨委的決定，將合肥縣析為合肥市、肥東縣和肥西縣，磨店歸屬于肥東縣。
起初，那里為江淮解放區(qū)第五行政區(qū)管轄，同年4月劃歸巢湖專區(qū)，1952年3月屬滁縣專區(qū)，1956年1月屬蚌埠專區(qū)，1958年7月屬合肥市，1961年4月屬滁縣專區(qū)，1965年7月屬巢湖專區(qū)。
1983年7月復(fù)屬合肥市肥東縣。
1983年至1993年屬肥東縣磨店鄉(xiāng)，1993年與肥東縣三十埠鄉(xiāng)合并，1996年底由原來的三十埠鄉(xiāng)劃為龍崗鎮(zhèn)和磨店鄉(xiāng)，2002年，磨店從肥東縣劃歸了合肥市瑤海區(qū)。
2010年，磨店又從瑤海區(qū)劃到了新站區(qū)。
至今無變動(dòng)。
2010年10月區(qū)劃前，鄉(xiāng)域總面積37.4平方千米，轄4個(gè)村、7個(gè)社區(qū)，人口1.75萬人（不含職教基地入駐師生）；區(qū)劃后，從肥東縣眾興鄉(xiāng)劃入漕坊、沿河、八聯(lián)3個(gè)村，從肥東新城開發(fā)區(qū)劃入和平村，鄉(xiāng)域總面積增至61.4平方千米，常住人口增至3.4萬，轄8個(gè)村、7個(gè)居委會(huì)。
2017年撤銷磨店鄉(xiāng)，成立磨店街道，由新站高新技術(shù)開發(fā)區(qū)托管。