瑤海區(qū)始建于1949年2月1日成立的合肥市第一、第二直屬鎮(zhèn)。
1951年，析合肥市第一、第二直屬鎮(zhèn)置合肥市車站區(qū)。
1960年，更名為東市區(qū)公社，因位于合肥市區(qū)東部得名。
1968年5月18日，東市區(qū)人民公社撤銷，改成立東市區(qū)人民政府。
1980年1月，恢復(fù)合肥市東市區(qū)名稱和建制。
2001年9月，瑤海街道析置為瑤海、方廟街道。
2002年3月，原東市區(qū)更名為瑤海區(qū)。
2009年10月，合肥龍崗綜合經(jīng)濟(jì)開發(fā)區(qū)移交瑤海區(qū)管理。
2011年4月，長豐縣三十頭鎮(zhèn)劃歸瑤海區(qū)，并委托新站綜合開發(fā)試驗(yàn)區(qū)代管。