朱仙莊前身為宿縣三鋪公社，駐三鋪村。
1982年撤銷三鋪公社，成立三鋪區(qū)，隸屬宿縣。
1984年6月，撤銷三鋪區(qū)成立朱仙莊建制鎮(zhèn)，鎮(zhèn)址遷到朱仙莊村，行政轄區(qū)不變，轄朱仙莊、鎮(zhèn)東、三鋪3個街道和二郎、后場、新河、二鋪4個鄉(xiāng)。
1992年2月，撤掉4鄉(xiāng)3街道，直管40個行政村。
1992年12月，宿縣、宿州市（縣級）合并成立宿州市（縣級），朱仙莊鎮(zhèn)隸屬宿州市。
1998年12月，撤地建市，撤銷縣級宿州市，設埇橋區(qū)，朱仙莊鎮(zhèn)隸屬埇橋區(qū)。