商代地屬南疆，故名南巢。
周代為巢（伯）國地。
春秋時期為楚屬國，置巢邑。
秦統(tǒng)一后，置郡縣，今巢湖以南為居巢縣，也作居鄛。
劉宋大明三年（459），居巢易名蘄。
漢設(shè)居巢縣，屬廬江郡。
西晉分設(shè)為廬江郡居巢、臨湖、襄安3縣。
東晉改為蘄縣，屬南譙郡。
南朝梁屬合州。
隋開皇元年（581），改為襄安縣，屬廬江郡。
唐武德三年（620）置巢州。
唐武德七年（624），置巢縣，隸屬廬州。
北宋太平興國三年（978），設(shè)無為軍，巢縣隸屬之。
元至元二十三年（1286），稱巢州。
至元二十八年，稱巢縣。
明屬南直隸廬州府。
清初屬江南省廬州府。
清順治十八年（1661），巢縣屬廬州府。
康熙元年（1667），改屬江南左省。
清康熙六年，屬安徽省廬州府。
1912年1月，直屬安徽省。
1914年6月，屬安慶道。
1949年4月21日，屬皖北行署巢湖專區(qū)。
1952年2月4日，改屬安徽省蕪湖專區(qū)。
1958年8月7日，改屬合肥市。
1961年4月13日，復(fù)屬蕪湖專區(qū)。
1965年7月14日，屬巢湖專區(qū)。
1971年8月29日，巢湖專區(qū)改稱巢湖地區(qū)。
1983年1月4日，撤縣改市成立巢湖市，隸屬不變。
1999年7月9日，縣級巢湖市改設(shè)為居巢區(qū)，隸屬地級巢湖市。
2011年8月，居巢區(qū)改設(shè)為縣級巢湖市，由合肥市代管。